Bewertung:
Das Buch ist eine umfassende Ressource für das Erlernen der Bioinformatik und bietet praktische Beispiele, eine gründliche Erläuterung der Konzepte und einen Schwerpunkt auf die für Bioinformatiker erforderlichen Fähigkeiten zur Softwareentwicklung. Einige der im Buch enthaltenen Codes können jedoch fehlerhaft sein, was den Fortschritt ohne zusätzliche Hilfe behindern kann.
Vorteile:⬤ Hervorragend geeignet zum Erlernen der Bioinformatik mit praktischen Beispielen aus echten Herausforderungen.
⬤ Detaillierte Erklärungen der Gründe für die Lösungen.
⬤ Wertvolle Diskussion über die Zusammenstellung von Programmen und die effektive Nutzung von Daten.
⬤ Enthält Inhalte zum Testen und zur Dokumentation beim Programmieren.
⬤ Geeignet für Personen mit etwas Programmiererfahrung.
⬤ Einige Code-Beispiele sind fehlerhaft und erfordern möglicherweise Hilfe von außen, um sie zu beheben.
⬤ Für absolute Anfänger in der Biologie oder im Programmieren ohne Vorkenntnisse möglicherweise nicht geeignet.
(basierend auf 3 Leserbewertungen)
Mastering Python for Bioinformatics: How to Write Flexible, Documented, Tested Python Code for Research Computing
Biowissenschaftler brauchen heute dringend eine Ausbildung in Bioinformatikkenntnissen. Zu viele Bioinformatikprogramme sind schlecht geschrieben und werden kaum gepflegt, meist von Studenten und Forschern, die nie grundlegende Programmierkenntnisse erlernt haben. Dieser praktische Leitfaden zeigt Bioinformatikern und Studenten nach der Promotion, wie sie die besten Seiten von Python nutzen können, um Probleme in der Biologie zu lösen und gleichzeitig dokumentierte, getestete und reproduzierbare Software zu erstellen.
Ken Youens-Clark, Autor von Tiny Python Projects (Manning), zeigt nicht nur, wie man effektiven Python-Code schreibt, sondern auch, wie man Tests verwendet, um wissenschaftliche Programme zu schreiben und zu refaktorisieren. Sie lernen die neuesten Python-Funktionen und -Werkzeuge kennen, darunter Linters, Formatierer, Typprüfungen und Tests, um dokumentierte und getestete Programme zu erstellen. Außerdem lösen Sie 14 Aufgaben in Rosalind, einer Problemlösungsplattform zum Erlernen von Bioinformatik und Programmierung.
⬤ Erstellen Sie Python-Befehlszeilenprogramme, um Parameter zu dokumentieren und zu überprüfen.
⬤ Schreiben Sie Tests, um die Refaktorierung von Programmen zu überprüfen und zu bestätigen, dass sie korrekt sind.
⬤ Bioinformatik-Ideen mit Hilfe von Python-Datenstrukturen und Modulen wie Biopython umsetzen.
⬤ Reproduzierbare Abkürzungen und Arbeitsabläufe mit Hilfe von Makefiles erstellen.
⬤ Parse wesentliche Bioinformatik-Dateiformate wie FASTA und FASTQ.
⬤ Muster im Text mit regulären Ausdrücken finden.
⬤ Verwenden Sie Funktionen höherer Ordnung in Python wie filter(), map() und reduce()
| ISBN: | 9781098100889 |
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| Einband: | Taschenbuch |
| Erscheinungsjahr: | 2021 |
| Seitenzahl: | 350 |
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