Bewertung:
Das Buch bietet eine umfassende und leicht zugängliche Einführung in die computergestützte Genomik, mit praktischen Übungen und einem schrittweisen Ansatz. Obwohl es wegen seines Inhalts und Lehrstils gut aufgenommen wird, gibt es Beschwerden über die Qualität der Grafiken und die Konzentration auf die Humangenomik, wobei einige Leser auf Aktualisierungen aufgrund der sich schnell verändernden Technologie hoffen.
Vorteile:⬤ Prägnante Einführung in Berechnung und Genomik
⬤ Schritt-für-Schritt-Anleitungen für praktische Übungen
⬤ Humorvoller und ansprechender Schreibstil
⬤ Umfassende Best-Practice-Referenz
⬤ Nützlich für GATK-Anwender
⬤ Zugänglich für Anfänger und erfahrene Forscher
⬤ Gut strukturiert für Gruppenlernen.
⬤ Schlechte Qualität der Abbildungen und Grafiken
⬤ einige Inhalte können mit neuen Technologien veraltet sein
⬤ begrenzter Fokus auf nicht-menschliche Genomik
⬤ Probleme mit der Druckqualität in physischen Kopien.
(basierend auf 8 Leserbewertungen)
Genomics in the Cloud: Using Docker, Gatk, and Wdl in Terra
Die Daten im Bereich der Genomik boomen. In nur wenigen Jahren werden Organisationen wie die National Institutes of Health (NIH) mehr als 50 Petabyte - oder über 50 Millionen Gigabyte - an genomischen Daten hosten, und sie wenden sich der Cloud-Infrastruktur zu, um diese Daten der Forschungsgemeinschaft zur Verfügung zu stellen.
Wie lassen sich Analysetools und -protokolle anpassen, um auf diese Datenmenge in der Cloud zuzugreifen und sie zu analysieren? In diesem praktischen Buch lernen Forscher, wie sie mit Genomik-Algorithmen unter Verwendung von Open-Source-Tools wie dem Genome Analysis Toolkit (GATK), Docker, WDL und Terra arbeiten können. Geraldine Van der Auwera, langjährige Betreuerin der GATK-Benutzergemeinschaft, und Brian O'Connor vom UC Santa Cruz Genomics Institute, führen Sie durch den Prozess.
Sie lernen, indem Sie mit echten Daten und Genomik-Algorithmen aus der Praxis arbeiten. Dieses Buch behandelt: Grundlegende Hintergründe zur Genomik und Computertechnologie Grundlegende Cloud-Computing-Operationen Erste Schritte mit GATK sowie drei wichtige GATK-Best-Practices-Pipelines Automatisierung der Analyse mit skriptgesteuerten Workflows unter Verwendung von WDL und Cromwell Skalierung der Workflow-Ausführung in der Cloud, einschließlich Parallelisierung und Kostenoptimierung Interaktive Analyse in der Cloud unter Verwendung von Jupyter-Notebooks Sichere Zusammenarbeit und rechnerische Reproduzierbarkeit mit Terra
| ISBN: | 9781491975190 |
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| Einband: | Taschenbuch |
| Erscheinungsjahr: | 2020 |
| Seitenzahl: | 475 |
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