
From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics
Um lebende Organismen zu studieren, untersuchen die Wissenschaftler sie nicht nur auf einer allgemeinen makroskopischen Ebene, sondern auch auf einer detaillierteren mikroskopischen Ebene. Diese Beobachtung, die bis an ihre Grenzen geht, besteht darin, das Zentrum jeder Zelle zu untersuchen, wo wir die Moleküle finden, die ihre Funktionsweise bestimmen: DNA (Desoxyribonukleinsäure) und RNA (Ribonukleinsäure).
In einem Organismus trägt die DNA die genetische Information, die als Genom bezeichnet wird. Sie wird in Form von Vier-Buchstaben-Sequenzen mit den Buchstaben A, C, G und T dargestellt.
Auf der Grundlage dieser Sequenzen können die in diesem Buch beschriebenen Computermethoden grundlegende Fragen der Bioinformatik beantworten.
In diesem Buch wird untersucht, wie man schnell Sequenzen von einigen hundert Nukleotiden in einem Genom findet, das aus mehreren Milliarden bestehen kann, wie man diese Sequenzen vergleicht und wie man die vollständige Sequenz eines Genoms rekonstruiert. Außerdem werden die Probleme der Identifizierung von Bakterien in einer bestimmten Umgebung und der Vorhersage der RNA-Struktur auf der Grundlage ihrer Sequenz erörtert.